陶氏纳滤膜系统通常采用连续运行方式，系统中的每支膜元件的运行条件不随时间变化，连续过程如下图所示：
连续处理运行方式
在某些场合，水量小且不能连续供水，如废水或待回收的工艺物料，通常采用陶氏纳滤膜分批处理运行方式，预先将进水或原液收集在原水或原液箱中，再进行循环处理，渗透液不断从陶氏纳滤膜系统中拿走，但浓缩液则回流循环返回原液箱。批处理结束时，剩余部分的浓缩液，残留在原料箱中，待这些残留液排干后，更换新一批物料之前，一般需对陶氏纳滤膜进行一次清洗，分批过程如下图所示：
分批处理运行方式
部分批处理是完全批处理运行方式的变种，在部分批处理运行过程中，陶氏纳滤膜原水箱中同时还不断进水，当原液箱中浓缩液装满时，就停止分批处理，这种部分批处理运行方式的优点是可以使用体积较小的原液箱。批处理通常设计为恒压运行，当浓度越来越高时，渗透流量会随之下降，批处理也可以遵循设计导则，一般情况下，水通量值应保守选取，但也可以超限选取，完全根据预备运转试验结果来确定，且需综合考虑陶氏纳滤膜清洗频率是否合适。
陶氏纳滤膜分批过程与连续过程相比有如下优点：
▬ 当进水水质变化时，较具弹性；
▬ 易于进行清洗；
▬ 每一批的系统回收率可以达到峰值；
▬ 系统控制简单；
▬ 渗透液品质可通过中止系统运转的方式来控制；
▬ 易于扩充系统；
▬ 投资费用省；
▬ 渗透液品质还可以结合全部或部分膜法处理进一步地提高；
▬ 较适合一支或膜元件数较少的系统操作，这是因为陶氏纳滤膜与末端很浓的浓缩液接触时间很短。
陶氏纳滤膜分批过程的缺点是：
▬ 渗透液流量不断变化；
▬ 渗透液品质不断变化；
▬ 需要较大体积的原液箱；
▬ 总运行费较高；
▬ 需较大的水泵；
▬ 动力消耗较大；
▬ 陶氏纳滤膜进水/浓水停留时间较长。
