纳滤膜净水系统水箱内的水位通常应保持在低限值水位以上，须正确地安装水箱的进出口管线，避免水箱内存在死角，还须对水箱采取防止尘埃及微生物污染的措施，特别严格的使用条件下，要求水箱为密闭型，并设置纳滤膜系统特制的水箱呼吸过滤器。
纳滤膜净水系统水箱可分为原水水箱、产水水箱、产水回吸水箱、加药箱以及清洗水箱。
原水水箱
当用氯进行原水处理时，该水箱须提供20~30min的反应时间，纳滤膜预处理系统内的自由空间也可起这样的作用。原水水箱还常常起到缓冲作用，以便纳滤膜系统在滤器反洗期间仍可连续运行。系统的操作模式为分批或半分批时，总是需要有原水水箱。
产水水箱
当产水为纳滤膜系统所需的产品时，一般需要设置产水水箱，系统的起动与停机均与产水水箱的高低液位相连锁。纳滤膜系统的处理量与产水水箱的大小应作适当的设计，使得系统可以连续运转几小时。系统停机的频率愈低，则系统的性能表现愈佳。
产水回吸水箱（drawback tank）
详请请阅读《反渗透膜系统为什么需要设置产水回吸水箱？》
加药箱
对进水进行投药处理时，须设置加药箱，其容积一般为一天的药剂使用量。
清洗水箱
属于清洗纳滤膜系统设备的一部份，详见《冲击式杀菌处理对反渗透膜系统微生物污染防治效果》的介绍。
